تشكلت عمادة الدراسات العليا مع بداية صدور أمر المقام السامي عام 1428هـ، وترتبط الدراسات العليا ارتباطاً وثيقاً بأهداف الجامعة الأساسية في خدمة المجتمع من الناحيتين الأكاديمية والبحثية، وتتميز برامج الدراسات العليا المستقبلية في جامعة نجران بنوع من الأهمية والخصوصية كون الجامعة تضم العديد من الأقسام العلمية ذات التخصصات المتنوعة التي تبرز أهمية برامج الدراسات العليا في تلبية كافة متطلبات المجالات العلمية التي تنعكس بطبيعة الحال على مجالات التنمية والاتجاهات العلمية التي يتطلبها المجتمع، حيث يوجد في الجامعة كافة فروع مجالات المعرفة اللغوية والاجتماعية والإنسانية والطبيعية والطبية والهندسية وغيرها الأمر الذي يجعل فرص الدراسات العليا متنوعة للراغبين في الالتحاق بها لمواصلة دراساتهم العليا في المملكة. كما تشتمل عمادة الدراسات العليا على الوحدات الحالية والمستقبلية الآتية:

وحدة القبول
وحدة الشؤون الطلابية
وحدة الحاسب الآلى والمعلومات
وحدة الشؤون الإدارية
وحدة التطوير والجودة